Il diario di Giuseppe Antonio Nidasio, nelle sue parti più significative, così prosegue:

"1801 - 13 giugno, venuta una tempesta circa una libbra grossa.

1802 - 21 maggio, gran terremoto.

1805 - 11 novembre, giunto il papa in Alessandria per il passaggio della consacrazione di Napoleone a Parigi.

1806 - 26 maggio, Napoleone Bonaparte viene incoronato nel Duomo di Milano.

1807 - 6 luglio, si fanno entrare li padri carmelitani alla Certosa.

1810 - maggio, soppressione delli Carmelitani in Certosa.

1814 - 17 febbraio, arrivata la nave alla conca del paese". La data segna l'arrivo del barcone, utilizzato per il trasporto fluviale di materiali e merci, fino alla conca del naviglio a Torre del Mangano.

1814 - 31 maggio, detronizzazione di Napoleone con tutti li suoi regni.

1817 - 24 giugno, venuto in Certosa il duca di Genova con sua moglie.

1819 - 3 agosto, venuta la tempesta a Casatico, rovinati i risi; 28 ottobre, si sono tagliati i risi.

1825 - 29 maggio, venuto il re di Napoli, sua moglie ed il principe di Salerno.

1835 - 26 ottobre, giunta la regina del Piemonte, sorella del re di Napoli.

1843 - 3 agosto, venuti li padri certosini.

1843 - 21 dicembre, prendono possesso li Certosini.

1844 - 6 giugno, li monaci hanno fatto la processione nel chiostro: io ho portato il baldacchino ed hanno favorito il pranzo.

1844 - 18 giugno, venuta grande tempesta.

1845 - 14 agosto, un cavallo con timonella (calesse) entra in chiesa nell'ora del vespro correndo fino al cancello: i padri continuano il loro ufficio". Non è la prima volta che succede un fatto del genere. Il piazzale antistante la chiesa è raggiungibile dall'esterno e qui vengono lasciati i calessini trainati dai cavalli. Può capitare che qualche quadrupede entri nella basilica e, spaventato dal rimbombo provocato dal rumore degli zoccoli, si metta a correre tra le navate.

1845 - 16 ottobre, venuta la granduchessa della Russia, sorella del granduca Michele.

1845 - 18 ottobre, venuto l'imperatore Nicolò di Russia con sua moglie.

1848 - 19 marzo, incominciata a Milano la rivoluzione che dura cinque giornate in seguito alla quale i Tedeschi vengono scacciati il 22 del suddetto mese ed arrivano i Piemontesi.

1848 - 5 agosto, tradimento di re Cario Alberto che conduce ancora i Tedeschi a Milano".

Con queste parole termina il diario.

Dopo l'ultima soppressione dei religiosi decretata nel 1810 da Napoleone, la custodia della Certosa rimane unicamente affidata ad un sacerdote, già Carmelitano scalzo, dipendente dal Subeconomato dei Benefici vacanti di Pavia.

 

Il governo austriaco, dopo la caduta del Regno italico, si interessa della Certosa, assegnando un fondo per le spese necessarie alla conservazione degli edifici: ma è un assegno troppo esiguo, sia rispetto alla larghezza dei mezzi, che sono a disposizione del monastero e della chiesa, sia per la vastità ed all'importanza dei fabbricati, sia di fronte ai bisogni sempre più aggravati dalla passata incuria e dalla mancanza di una regolare custodia. "Il silenzio claustrale d'altri tempi diventa quello dell'abbandono e della squallida solitudine: il vivo sentimento della creatività che aveva dato vita alle meraviglie della Certosa, trova scarsa eco nello studioso di quell'epoca, che cresce in mezzo alla fredda e monotona imitazione dell'arte antica, in così aperto contrasto con le svariate manifestazioni del Medioevo, del Rinascimento e del Barocco" (Beltrami). In omaggio a quella ripresa del sentimento religioso, che tien dietro a periodi troppo agitati, i Certosini, sessantun anni dopo l'abbandono della loro prediletta sede, vi fanno ritorno, in seguito al decreto, datato 17 giugno 1843, dell'imperatore Ferdinando I (1793-1875): la presa di possesso avviene il 21 dicembre con solenne atto, cui intervengono autorità civili ed ecclesiastiche. A questo ritorno si interessano alcuni nobili milanesi tra cui il conte Giacomo Mellerio, il quale, morendo, lega una parte della sua sostanza a favore della Certosa.

Come conseguenza della legge n. 3036 del 7 luglio 1866 i padri certosini abbandonano il monastero nel settembre del 1880.

Lo Stato, pertanto, provvede a requisire i beni delle congregazioni e degli ordini religiosi. Varata nel tentativo di sanare il deficit pubblico, la legge toglie ogni riconoscimento giuridico alle realtà clericali su richiamate ed assegna i loro beni al demanio, con l'obbligo per lo Stato di versare a favore del fondo per il culto una rendita del 5%.

I fabbricati dei conventi e dei monasteri soppressi sono assegnati a quelle pubbliche amministrazioni, che ne fanno domanda, per la creazione di scuole, asili, ospedali. La Certosa non è affidata ad alcun ente locale poiché si trova tra i cinque monasteri (di Montecassino, di Cava dei Tirreni, di san Martino della Scala, di Monreale, della Certosa presso Pavia) dei quali il governo italiano si assume la conservazione degli edifici e di quanto in essi custodito (biblioteche, archivi, oggetti d'arte...).

Dal 1881 la Certosa entra a far pane dei beni amministrati dal regio Ministero per l'Istruzione pubblica il quale provvede a patrocinare illuminati lavori di restauro. Nel 1891 la custodia degli edifici sacri viene affidata all'Ufficio regionale per la conservazione dei monumenti in Lombardia, con sede in Milano.

 

Sul finire del secolo XIX, esattamente nel 1897, mons. Ceriani, prefetto della Biblioteca ambrosiana, viene più volte alla Certosa.

Da diciassette anni i monaci sono partiti ed i manoscritti non sono più tenuti in ordine; necessitano pertanto di una sistemazione completa e generale. Di questo appunto vuole occuparsi mons. Ceriani con il suo collaboratore don Achille Ratti (1857-1939).

Alla morte del prefetto, l'assistente prende il suo posto e prosegue nel lavoro riordinando in nuove scaffalature la preziosa ma troppo abbandonata raccolta di libri. Nel 1899, per alcuni mesi, il sacerdote ogni mattina scende dal treno proveniente da Milano, entra dalla parte posteriore del podere e si reca al monastero, dove rimane fino a sera inoltrata. A mezzogiorno consuma un pasto frettoloso fra le polverose pile di libri. Il signor Angelo Alberizzi di Torre del Mangano, nelle sue memorie, ricorda con piacere l'affabilità del religioso che spesso lo pregava di portargli un po' d'acqua, per scacciare la polvere dei libri dalla gola ed aggiunge che egli rimaneva a parlare con lui approfittando della breve sosta durante il suo pesante lavoro. Don Achille Ratti verrà eletto sommo Pontefice, con il nome di Pio XI, il 10 febbraio 1922. In un'udienza concessa nel 1932 al procuratore dei Certosini, tornati al monastero dei Visconti, il Papa dirà con un sorriso: "Ah.' La Certosa ... la Certosa ...; la conosco come le mie tasche... ".