Nei primi decenni del Cinquecento eventi militari di eccezionale portata politica sconvolgono la Lombardia. Il re di Francia Luigi XII, salito al trono nel 1498, torna a far valere gli antichi suoi diritti sul principato già visconteo, attaccandolo e costringendo il Moro a fuggire presso l'imperatore Massimiliano I ad Innsbruck. Dopo aver ordinato di togliere dai tetti della basilica certosina diecimila libbre di piombo da fondere in proiettili, con alcune migliaia di fanti borgognoni e svizzeri, Ludovico Maria Sforza tenta, nel febbraio del 1500, di riconquistare il dominio; ma a Novara, 1'8 aprile dello stesso anno, tradito dagli Elvetici, sulle cui truppe aveva contato, è costretto ad arrendersi ai Francesi.

LA BATTAGLIA
 

Nel 1514 i monaci ottengono dal duca l'autorizzazione di portare a trentasei il numero delle celle trasformando anche le ventitré preesistenti 'et reducere ad modernam consuetudinem', a discapito dell'unità della primitiva costruzione. L'ingrandimento non sarà mai attuato, però le celle che attualmente vediamo sono il risultato di lavori eseguiti in quel periodo. Nel 1516 Bernardino Luini da Milano dipinge la bellissima 'Madonna con il Bambino', affresco conservato nella sala del lavabo. A Luigi XII d'Orleans succede il figlio Francesco I (1494-l547) che riunisce alla sua corte i migliori artisti dell'epoca, come il Cellini e Leonardo da Vinci.

 

Dopo la vittoria della 'Battaglia di Pavia', i Lanzichenecchi, al servizio dell'imperatore Carlo V, saccheggiano ferocemente la città e le località ad essa adiacenti. Per il complesso monumentale le conseguenze di tale guerra sono gravissime: i lavori della facciata vengono interrotti per qualche anno, alcuni soldati penetrano nell'archivio notarile ed incendiano documenti importantissimi sulla costruzione del monastero, sulla chiesa e sul suo fondatore, altri depredano oggetti sacri, paramenti, manoscritti di altissimo valore storico ed artistico. Nel 1530 Francesco II Sforza (1495-1535) ottiene da Carlo V l'investitura del ducato di Milano.

Egli firma un diploma nel quale rinnova ai monaci certosini le concessioni e le esenzioni già loro riconosciute dai suoi predecessori.L'atto serve per assestare le finanze del complesso monumentale e riprendere i lavori d'ultimazione della parte superiore  fronte. Il trattato di Bologna, pertanto, col dare uno stabile assetto del dominio spagnolo in Lombardia, dopo molte vicende di guerra, può assicurare un periodo di tranquillità. 

 

Nel 1543 è documentata ancora la presenza dei Fratelli Giovanni Battista e Stefano Sesto e soprattutto di Cristoforo Lombardo da Milano, il quale idea il progetto, poi realizzato, per la parte alta della facciata ancora incompiuta.

Questa, raccordata all'inferiore da lunette, risulta divisa in tre settori, due laterali con larghe bifore ed uno centrale con oculo inquadrato da timpano; il tutto dovrebbe completarsi da un fastigio, mai eseguito, coronato da una lunetta. Dopo l'intervento del Lombardo, la facciata rimarrà incompiuta all'altezza del secondo cornicione.

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Intorno alla prima metà del secolo si cura la realizzazione di corali e codici miniati, conservati nella biblioteca, il cui edificio si trova tra il piccolo ed il grande chiostro. attualmente vi sono custoditi tredici corali con scrittura gotica e miniature rinascimentali.

I numeri 1,2,12,13,14, recano la firma del bergamasco Benedetto da Corteregia, monaco vallombrosano di 
San Lanfranco di Pavia.

 

 

Nel 1550 ci si impegna nuovamente a completare la facciata, ma essa rimarrà come la vediamo oggi, pur nella sua magnificenza decorativa, a documento di una serie ininterrotta di artisti che collegialmente ne hanno portato avanti i lavori

 

   

Forse Galeazzo Alessi realizza, nel 1560, le snelle elegantissime guglie, che terminano a pinnacolo, poste alla sommità dei possenti contrafforti ai lati esterni della chiesa. 

Nello stesso anno, il 28 agosto, il padre generale dei Certosini, don Piero Sarde, consente che nella Certosa delle Grazie venga installato tutto il necessario per procedere alla stampa di messali e di corali fino a quel momento forniti da altre tipografie.

Il religioso invita i priori di tutte le certose d'Italia  a comperare solo libri editi dalla tipografia del monastero visconteo.

Dello stesso anno è il primo volume stampato alla Certosa: il "Breviarium Carthusienensis" di 392 pagine 

Nel 1564 la Certosa si arricchisce del monumento funerario  di Ludovico il Moro e Beatrice D'Este già destinato alla chiesa di Santa Maria Delle Grazie di Milano. Le due statue vengono infisse nel muro, alle spalle del mausoleo di Gian Galeazzo Visconti. Sono in seguito separate e disposte nelle absidi laterali del braccio di tramontana della navata trasversale, dove, su di uno zoccolo di marmo di Verona, il cenotafio avrà l'attuale sistemazione solo nel 1891

(foto con scritta GRA-CAR)

Le premure sono rivolte soprattutto all'abbellimento della chiesa, i Certosini nel 1569 dispongono la pavimentazione del presbiterio con piastrelle di marmo sulle quali viene incisa la scritta GRA-CAR ( GRATIARUM CARTHUSIA) Certosa delle Grazie poiché la basilica è dedicata alla Madonna come anche è indicato sopra la grande finestra circolare della facciata "MARIA VIRGINI MATRI FILIE SPONSE DEI

 

Nel 1581 Michele Montaigne visita la Certosa e ne trae l'impressione di un lusso straordinario, non solo negli edifici "ma anche nel numero di servitori, cavalli, cocchi, manovali, artigiani"  Dichiarerà in seguito d'aver visto " la corte di un potente principe" e non un monastero. 

 

Alla fine del secolo è già ultimata la loggia del tiburio al centro del transetto, ed è affrescata la cupola dai senesi Piero Sorri e Alessandro Casolani, con scene dell'Apocalisse. Giovan Battista Crespi, detto il Cerano, dipinge "la Vergine tra S.Ugo e S. Carlo Borromeo" per l'altare di fondo del braccio destro del transetto e vengono intagliati gli armadi a muro della sagrestia vecchia nei quali si conservano i ricchi arredi e paramenti sacri, andati dispersi durante le irruzioni delle truppe napoleoniche